石铁流教授,博导。于1992年在中科院上海植物生理研究所获得植物生理专业硕士学位。1999于美国Louisville大学获计算机硕士学位,2000年于Louisville大学获得分子生物学博士学位。2002年6月回国,加入到中科院上海生命科学研究院生物信息中心。2008年底加入到华东师范大学,为生命科学学院教授。
多年来从事生物信息学和计算系统生物学的研究。主要的研究方向是:1. 临床信息标准化及人工智能在临床大数据应用研究;2. 高通量数据(测序数据和蛋白质组学数据)分析及方法学开发;3.整合临床信息和多组学数据的疾病基因及机理研究,生物分子标记的发现和药物靶点研究。
作为MetaSUB 国际联盟的主要成员,近些年来,开展了一系列的宏 基因组/宏转录组数据分析工作,并将人工智能应用到生命科学领域中,挖掘微生物领域的“暗物质”,构建了微生物未知物种的注释模型,不依赖同源性的未知蛋白质的功能预测深度学习模型,探索了全球主要城市微生物分布特征,抗生素耐药性特征等,建立了全球城市病原微生物风险大模型等。已发表了150多篇SCI的研究论文。通过数据整合及大规模的文本挖掘,建立了最完善的罕见疾病和出生缺陷的注释平台。此外,还建立了一站式蛋白质组学数据分析平台-Firmiana、测序数据分析及疾病基因组的分析平台。
目前担任中国生化与分子生物学学会蛋白质组学分会专业委员,上海植物生理学会理事,上海生物信息学学会理事和上海市基因健康专委会委员。同时担任《中国科学–生命科学》(Science China-Life Sciences)杂志的生物信息学和系统生物学Section编委,PediatricInvestigation杂志副主编等。